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中军和后军明显级别最高，特别是后军都督府，负责对整个蒙古地区的用兵。如果事关河套与科尔沁草原，左军和右军都督府必须配合，等于整个北方都要听后军左都督的命令。
把后军都督府设在北京，就是在提高北京的军事地位，把北京作为整个北方的军事中心。
后军左都督，必须由熟悉北方战事的将领担任。军政分离自不必说，防止出现藩镇局面，没有钱粮大权不可能割据。
而且，各省的巡检兵，也就是武警系统，从都督府半剥离出来，交给各省的都指挥使司掌控。让他们与五军都督府进行制衡，只有接到中央军令，巡检兵才会配合都督府作战。
如果蒙古草原出现叛乱，先由安北都护府、饶乐都护府自行解决。蒙古叛军如果大举越过长城，后军左都督有权临时调遣巡检兵。
出了真正的大乱子，中央才会发出军令，由后军左都督，接管整个北方军事体系，集北方数省之力去平叛。这种情况属于危急状态，可能一百年也就两三回。
南京的都督府名字不变，但此时的各位都督，今后改称大将军，并加前缀“某某大将军”予以区分。
中央都督府，设兵政、宣教、参谋、军法、整训、后勤、器械七个司。又有御前军事会议，由皇帝主持召开，兵部和都督府出席。
兵部职权遭到压缩，但还掌控着部分军费大权，保留对各省都指挥司（辖管武警部队）的控制，保留对高级武官任免权（必须得到御前军事会议通过）。
兵部尚书卢象升，看完军制改革方案，久久说不出话来。
