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梁震率军进攻费尔干纳盆地的时候，大同军的主力，正在分兵进攻乌鲁木齐和巴里坤。
两处都是可以耕作的沃土，但此时全是游牧部落，元代修建的城池也早已废弃。
大同军杀到乌鲁木齐，当地的部落直接逃跑。
其中，库本诺雅特部，往西北逃去投奔准噶尔。噶勒丹多尔济部，往东北逃去投奔和硕特。
大同军也不追赶，直接把五千民夫安置于此，在元代仰吉八里城遗址上，重新建立一座新的城池。这里是攻打北疆的桥头堡，大同军劳师远征，短时间内无力再北上，控制乌鲁木齐地区是为将来打算。
另一支攻打巴里坤的大同军，同样没有遭遇什么抵抗。
当初从青海逃来的九兄弟，已经老死病死只剩四人。他们早就被大同军吓破胆，直接舍弃巴里坤盆地，朝着更北面躲避兵锋。
大同军同样不追，在巴里坤移民筑城，作为今后攻打北疆的桥头堡。
眼见大同军止步于两地，窝在和布克赛尔的噶尔丹行动了。巴里坤的和硕特部北迁，不可避免的跟北方同族争夺草场，和硕特部由此陷入内乱，噶尔丹当机立断率军进攻。
噶尔丹三战三捷，和硕特部被迫臣服。这厮统一北疆之后，居然宣称建立准噶尔汗国，公然无视南京朝廷的存在。
