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三地同属大同学派，但各有侧重点。含珠派主要用传统理学阐述大同，庐陵派掺杂心学与理学，金陵派则是博采众长。
顾杲在无锡集资重建东林书院，东林派宣告复兴。
死灰复燃的东林派，已然调整学术思想。主旨虽然还是“读书、讲学、爱国”，但加入一些大同思想，同时强调“相忍谋国、切忌党争、理学为本、实学当兴”，东林士子开始主动研究天文、地理、数学、物理、水利等学科——他们以前就有涉猎。
桐城派也宣告诞生，融合理学、心学，又在方以智的倡导下，对自然科学进行探究。
金陵大学的教授王之良、妇科圣手傅山，在南京联合创建“关学派”。横渠四句、大同理论，又吸纳朱熹、王阳明的学说，形成一套颇为另类的新关学。
刘宗周拉着一票浙江人，在绍兴创建“山阴派”。这一派属于全新的心学，同时吸纳程朱理学，强调“慎独”修身，持身以正而匡扶天下。
长沙那边，王夫之、王介之、熊渭公、郭凤跹、管嗣裘、文之勇等人，创立“岳麓派”。以理学为本，提倡解放人性、气一元论（朴素的唯物论）、理势合一（朴素的进化史观）等等，这个学派在湖北的南部地区也传播甚广。
以几社成员为基础，还在华亭创立“实学派”。
实学派特别有意思，虽在华亭创立，核心基地却在上海。不但提倡实学，还倡导实学与工商业结合，好多以前的几社成员，现在不做官而跑去经商。
