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【恭喜！你已手握珍贵的原子恐龙大衮化石，此刻，系统正全力为你孕育出对应的宝可梦。】
在游戏的虚拟世界中，复活这样的化石需要五百货币作为代价。系统已自动从柳天赐的账户中扣除五百代币，由于这枚化石保存得异常完好，因此它几乎在瞬间就被成功复活，并转化为了对应的宝可梦。
然而，令人遗憾的是，原本隐藏在化石中的穆托卵却已不见踪影，被悄无声息地转移了。但柳天赐的目光并未因此而有所动摇，因为他所追求的并非普通的穆托。
在穆托的族群中，雌性的穆托拥有惊人的进化潜能。她们可以历经蜕变，成为统治群落的穆托女王，甚至进一步进化为至高无上的至尊穆托。柳天赐的目标，正是那威严的穆托女王或是那传说中的至尊穆托。——————————————————————————————————————
海军上尉福特·布罗迪，身为拆弹爆破专家，定居于旧金山，与身为护士的妻子艾丽共同抚养着他们的儿子。
某日，福特接到来自日本的紧急电话，得知父亲乔因擅自闯入废弃核电站管制区而被捕，需要家人前往保释。乔，这位执着的工程师，15年来一直在探寻辐射外泄的真相，因此与渴望摆脱丧母阴影的福特渐行渐远。艾丽鼓励福特前往日本，既是为了解救父亲，也是为了修复这段疏远的父子关系。
在成功保释乔之后，福特初时仍难以接受父亲偏激的行为。然而，在乔的耐心说服下，父子俩决定再次深入废弃核电站管制区，寻找与辐射外泄相关的证据。
然而，他们惊讶地发现，这片区域早已没有核辐射的踪迹。乔和福特随后被军方人员逮捕，并被押送至核电站废墟背后一个隐秘的基地。
这个基地在过去数年间一直在研究一个穆托的蛹。领队芹泽博士在得知乔曾是核电站工程师后，与乔展开了深入的交谈。他们惊讶地发现，两人对核电站事故原因的怀疑竟然不谋而合：他们认为，这起事故是由一种以吸收核辐射为生的怪兽——穆托——造成的。
